港口分配核心逻辑为分功能拆分港口建筑、按赛季阶段调整指挥值配比、主副基地分流停泊舰船，通用港口兼顾开荒过渡，中后期拆分军事港口与资源港口实现容量互不挤占，分基地承接多余作战舰船释放主基地产能空间，同盟公共港口统一分配功能性工程舰完成区域资源统筹，全程规避军事工程舰船共用港口造成的生产停滞问题。
基地升本前期仅解锁通用港口，这类港口同时提供军事指挥值与资源指挥值，分配重心要向资源指挥值倾斜，落地开荒阶段优先升级通用港口一至三，预留七成资源港口容量停放小型、中型工程舰，剩余三成军事港口容量仅存放基础护卫舰用于清剿野怪与勘探，避免大批量建造驱逐舰挤占工程舰停泊位导致采矿效率下滑。前中期缺少专用港口建筑时，不批量生产巡洋、战巡等高指挥值作战舰船，控制军事港口闲置容量维持持续造矿车节奏，对接矿点、控制资源节点所需的登陆舰统一占用预留的少量军事容量，不占用工程舰泊位，通用港口升级顺序遵循港区扩建优先于工业区、中央区，每级通用港口解锁后立刻拉满等级，扩充基础双类型指挥值上限，保证日常采矿与基础作战同步推进不受限制。
基地达到五级后解锁专属军事港口、六级解锁资源港口，此时需要重构港口分配比例，拆除多余通用港口替换为两类专用港口，军事港口承载全部驱护、巡洋、战巡、航母等作战舰船，资源港口单独容纳所有工程采矿舰、登陆控制舰，两类容量完全隔离不再互相占用。军事港口内部进一步细分停泊规划，常驻作战编队只保留两队满配主力舰队停靠，其余备用舰船、战损维修替补舰船全部转移至分基地前哨港口，分基地仅配备军事港口不建造资源港口，以此释放主基地全部资源港口空间，大规模批量生产中型、大型工程舰提升星系资源获取速度。资源港口分配遵循分层停放规则，小型矿车、登陆舰停放在低容量泊位，大型工程开采舰、支援维修工程舰占用高资源指挥值泊位，预留五分之一闲置容量应对临时新增控制作业需求，不用临时拆解工程舰腾出泊位。
进入盟战与星系争夺阶段，同盟公共港口分配需要配套统一规则，将全体成员闲置工程舰集中停靠在联盟城市港口，统一执行区域矿点控制、城市对接作业，私人基地资源港口仅留存自用采矿舰船，减少单人工程舰分散占用计划圈的情况。军事港口同步调整配比，主基地军事港口仅存放即时出战主力与维修补给舰船，所有备用攻坚、伏击、封锁舰队全部部署在前线分基地港口，前线分基地集中堆叠高等级军事港口，提升前线舰船储备量，后方主基地不再囤积大量作战舰船，全部产能倾斜工程舰生产。若遭遇持续高强度交战，临时下调资源港口停泊数量，腾出少量容量建造抢修支援工程舰，战后第一时间调回多余作战舰船至分基地，恢复资源港口满负荷采矿分配方案，平衡作战消耗与资源产出的长期发展需求。
